单片机干扰如何排除？

这是长线耦合空间的电磁干扰所致，说明你的系统EMC设计不良。
改进方法：注意电源设计及去耦，PCB布局走线和去耦电容的放置、连线都是有讲究的。另外可以在编码器的供电端加电容去耦和磁珠抑噪，数据线上也可加磁珠抑噪声。

 
编码器接口直接相连MCU的IO吗？没图不好分析
编码器输出的ttl信号，直接接单片机io口。因为是高电平计数，所以每个io口有一个2k的下拉电阻。

 
这是长线耦合空间的电磁干扰所致，说明你的系统EMC设计不良。
改进方法：注意电源设计及去耦，PCB布局走线 ...
请教编码器供电端去藕电容用104外，还需不需要并一个大点的电解电容？供电端的磁珠是电源和地都需要嘛？信号线串磁珠的话，大小如何选择？单片机的io口有2k的下拉电阻。

拆开编码器看看里面是什么。
或者检查一下编码器是怎么连接的，和其它干扰源离开一点。
检查接上编码器，GPIO的电平和波形。